آیت الله هاشمی شاهرودی با صدور دستوری خطاب به دادستان تهران اعلام کرد:توقیف سایت ها در غیر جرایم اخلاقی و امنیتی حتی الامکان با نظر دادگاه انجام گیرد و در مرحله دادسرا به جنبه کشف جرم تعقیب و تحقیق و صدور کیفر خواست اکتفا شود.
متن کامل دستور رئیس قوه قضاییه که در پی نامه احمد توکلی نماینده مجلس درباره توقیف سایت الف صادر شد به شرح زیر است:
از آنجا که آزادی بیان و اظهار نظر در چارچوب قانون از حقوق اساسی افراد می باشد لازم است دستگاه قضایی اولین حامی و پشتیبان حفظ و احیای آن در جامعه باشد و در برخورد با تخلفات و جرایم رسانه ای و مطبوعاتی به نحوی عمل کند که علاوه بر اجرای قانون کلیه حقوق و آزادی های مشروع دقیقا رعایت شود و ضمنا دستگاه قضایی از هر گونه شائبه سیاسی کاری .و جناح گرایی مصون و مبری باشد. لهذا مناسب می بینم که توقیف سایت ها در غیر از جرایم اخلاقی و امنیتی حتی الامکان با نظر دادگاه انجام گیرد و در مرحله دادسرا به جنبه کشف جرم تعقیب و تحقیق و صدور کیفر خواست اکتفا شود.