واکسن آنفلوآنزا برای اغلب افراد بی‌خطر است، اما برخی افراد ممکن است دچار عوارض خطرناک ناشی از واکسن آنفلوآنزا شوند، از جمله واکنش آلرژی. مراکز کنترل و پیشگیری بیماری‌های آمریکا می‌‌‌گوید این افراد نباید بدون مشورت ابتدایی با دکترشان واکسن آنفلوآنزا بزنند:
هر کسی که به تخم مرغ آلرژی دارد.
هر کسی که قبلا واکنش شدید به واکسن آنفلوانزا نشان داده است.
کودکان کمتر از شش ماه.
هر کسی که در طول شش هفته پس از دریافت واکسن قبلی آنفلوانزا دچار عارضه‌ای به نام سندرم گیلن‌ - باره شده است.
هر کسی که دچار بیماری تب‌دار است، پیش از دریافت واکسن آنفلوآنزا، باید صبر کند تا بهبود یابد.